近年来，扬州大学高度重视人才培养模式的改革创新，在教育部精品课程、教学团队、品牌特色专业、国家级规划教材等“质量工程”项目引领下，创建教育教学过程中的研究性教学模式、网络教学模式、校地校企共建模式、国际合作模式等 “四种模式”，培养学生社会责任感、创新精神和实践能力，取得了显著的效果。
  创建研究性教学模式。为引导学生自主学习，激发学生研究性学习的积极性，提高人才培养的成效为提升改革层次，学校于2013年设立了两个研究性教改特区，并于2014年在总结研究性教学专业改革试点工作的基础上，进一步扩大改革范围，在18个专业和3门公共课程开展研究性教学专业改革，要求各研究性教学专业改革项目要注重人才培养方案的修订、课堂教学的设计、教学方式的灵活运用和过程评价的实施等各个教学环节的改革。以研究性教学改革的实践成果为基础，2013年学校“‘三维式’研究性教学改革的探索与实践”荣获江苏省教学成果特等奖。2014年，学校的“地方高校全面推进研究性教学模式的改革与实践”荣获国家教学成果奖二等奖。
  创建网络教学模式。学校启动课程教学资源网络化建设计划，引进网络教学平台，开展教学网络资源建设，培养学生自主学习的能力，促进师生互动与交流，推进研究性教学，还通过每年评选优秀网络课程等活动，鼓励教师提高网络资源建设的质量。目前，全校已有4360余门课程进入网络教学平台，每学期有2000余门课程利用网络教学平台开展正常的辅助教学活动，网络教学平台累计访问量高达突破2.32亿人次。“大学物理”课程利用网络教学平台实现物理实验网上预约、管理，为学生提供了良好的网上实验平台。学生在网络平台上还可以选择实验课题，利用网络查找资料，讨论相关问题；还可以预约课外时间进入实验室自主实验。学生经过选题、实验准备、实验操作、研讨、撰写课程论文和论文答辩等教学环节，感受科学研究的全过程，综合思维和实践创新能力得到提高。
  创建校地校企共建模式。学校多年来积极探索校地校企联合培养新模式，主动争取社会支持。目前学校拥有扬州大学—江苏省农委全面合作、扬州大学江阴研究院等重大合作项目。学校还与张家港市签署合作协议，设立农村区域发展专业的“张家港班”，实行校地“双导师、双班主任”的双轨制培养模式，定向培养会经营、善管理的“农业基层人才”。学校每年举办校企合作人才培养论坛，邀请企业负责人为学院师生作专题报告，校企双方围绕校企合作的机制和模式创新、过程和质量监控等方面进行了深度的探讨和合作。自2011年起，学校还启动了“研本1+1”引领计划，打造“藕合联动”的工作平台，充分发挥研究生在本科人才培养实践过程中的主体作用，积极探索完善研究生和本科生在实践活动中的互动式、一体化的人才培养模式，取得了较好成效。学校鼓励各学院建立“研本1+1”工作站，加强校企联动共建。
  创建国际合作模式。学校校一直致力于培育师生的国际化意识，在参与国家、省组织的各类师生留学项目和计划的同时，不断寻求和商谈境外和国外的合作高校，实施创新人才的联合培养，推进人才培养国际化。为便于与国外高校联合培养和学分互认，在2014版人才培养方案的修订中，学校要求所有课程都须中英文双语标识。自2013年秋学期起，为满足学生日益增长的海外学习与交流对英语语言学习的需求，学校深化大学英语课程体系及教学内容改革，启动了扬州大学“大学生英语能力提升课程”试点工作。通过整合师资力量，改革教育教学方法，完善教学组织与管理，强化学生英语听、说、读、写四项技能，全面提升了本科生的英语语言的运用能力、英语语言素养、雅思和托福等国际化考试的水平，为学生进入英语国家学习和交流奠定了扎实的语言基础。学校不断扩大与境外高校的合作办学和联合培养人才，每年参加国家留学基金委的国家公派优秀本科生国际交流项目10个左右，江苏省政府奖学金项目每年派出50名左右的学生。学校还依托教师留学、游学平台，与国外高校签订联合培养项目。